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计算机辅助药物设计

计算机辅助药物设计简介

计算机辅助药物设计(Computer Aided Drug Design, CADD)是以计算机化学为基础,通过计算机的模拟、计算和预测药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物的方法。

 

计算机辅助药物设计本质上就是模拟靶点与候选药物之间的相互作用,以降低实体筛选实验中的化合物数目,从而提高先导化合物发现效率以及成功率。随机筛选的活性率在0.01%~0.1%,而计算机辅助药物设计可以从大型化合物库(1200万的topscience database现货库存数据库)中快速筛选出具有潜在活性的药物分子,其活性率可以提高到5%-20%。

 

药筛网可以利用基于靶点或小分子结构的药物设计方法,对可购买化合物、天然产物等数据库进行虚拟筛选,并获得潜在活性的化合物列表供进一步活性实验确证。面向制药企业和科研院所,我们可提供一站式的早期药物研发服务,包括虚拟药物筛选、先导优化、靶标预测、动力学模拟等,涉及小分子化学药、生物药、中药等多种新药类型,为您提供优质的药物发现服务。

计算机辅助药物设计服务

靶点结构模拟与预测

我们可以提供同源模建服务,从氨基酸序列预测蛋白质的3D结构;另一方面可以提供反向找靶服务,寻找活性化合物的可能作用靶点。

分子设计与优化/骨架跃迁 根据实验需求,设计与优化高质量的小分子衍生物;通过骨架跃迁的方法找到结构新颖的药物小分子, 获得无知识权保护的苗头化合物
虚拟筛选/分子对接

提供分子对接服务,探索蛋白靶点与小分子/多肽/蛋白的互作模式;同时提供基本靶点/配体结构的虚拟筛选服务,从而降低筛选的化合物数目,提高先导化合物发现效率。

ADME/T性质预测

利用ADME/T计算平台,预测药物小分子在体内的吸收、分布、代谢、排泄和毒性性质,降低候选分子的淘汰率,提高药物研发的成功率。

国内外计算机辅助药物设计成功案例

疾病/药物 靶标 研究方法 活性分子 单位/公司
老年性痴呆 β分泌酶 虚拟筛选 首次找到活性为μM级别的有机小分子抑制剂 上海药物所
心律失常 钾离子通道 3D-QSAR 找到一个结构新颖的活性化合物,已通过动物和毒性实验并转让给医药公司 上海药物所
肿瘤 BCL-2 虚拟筛选、组合库设计 发现了具有诱导细胞凋亡和抗肿瘤新生血管形成的先导化合物 军科院药物所
神经系统 FKBP12 虚拟筛选、组合库设计 10个化合物的活性高于阳性对照物FK-506 军科院药物所
关节炎 磷脂酶A2 从头设计、虚拟筛选、3D-QSAR 找到结构新颖活性与阳性化合物相当的化合物 北京大学化学系
获得性免疫缺陷综合征 HIV蛋白水解酶 治疗人类免疫缺陷病毒的药物Saquinavir Roche (Welwyn, UK)
流行性感冒 神经胺酸苷酶 选择性的抗病毒药zanamivir Biota (Melbourne, Australia)

服务优势

丰富的有机化合物数据库资源

药筛网为客户提供1200万个实体化合物,保证客户在虚拟筛选后买到自己理想中的实体化合物。不会为筛到好结构,却没有库存而苦恼。
绝大部分化合物可以提供5mg,10mg,20mg,50mg等多种包装,也可以按客户需要提供DMSO溶液的包装,绝大部分产品货期仅需2-3周,迅速满足客户的科研要求。

齐全的药物分子设计软件资源

药筛网拥有最齐全的多种可用于虚拟筛选的分子对接软件(如DOCK、AutoDock、GOLD、GLIDE、Surflex、LigandFit等)。
药筛网还拥有其他国际一流水准的商用药物分子设计软件,包括 MOE、Discovery Studio、SYBYL、Schrodinger和Gaussian 09,以及一批学术软件(包括AMBER、GROMACS、CHARMm等)。
应用这些软件可以完成蛋白同源结构模建、药效团归纳、分子动力学模拟、量子化学计算等药物分子设计所涉及的分子模拟计算任务。

强大的计算机硬件资源

本公司目前拥有宝德高性能计算集群2套,共计25个计算节点(440个逻辑CPU),超过15 TB的硬盘存储空间。这些硬件资源都可以用于提供对外虚拟筛选服务。
药筛网为满足广大生物化学客户的计算机辅助虚拟筛选的需要,可以帮助客户完成基于分子对接的虚拟筛选和基于药效团的虚拟筛选。我们所筛选的所有产品均是实际可提供的小分子化合物,避免客户由于数据库的选择不当,造成目标分子无法得到的情况,减少您投入的人力、物力和财力的成本。
对于大多数项目而言,我们可以提供:从虚拟筛选到小分子化合物的购买到化合物的活性验证到细胞学实验的验证等全套服务内容。

基本信息
我们可以提供如下项目: 为了便于后续记录操作,请先注册登录会员账号
注:确切值需要实验,本次预测的均为预测值
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