最近在PDB中记录的蛋白质结构被认为是最适合进行计算筛选的，其中包括4YJ2、5C8Y和5CA1。所有三个微管蛋白结构中的蛋白质-配体相互作用的主要特征非常相似，并且可以进行叠加。因此，基于结合口袋中关键氨基酸残基的特征和分析蛋白质结构中观察到的配体相互作用，构建了蛋白质对接模型。对接模型已经通过一组已知活性化合物（110个配体）和非活性分子进行了验证。根据参考化合物集的活性数据进行了计算约束的修正。

2D相似性搜索和拓扑类似物搜索：

1. 参考化合物集从可用的文献来源和数据库（如ChEMBL、BindingDB、PubChem）中进行了精心编制。
2. 使用Tanimoto相似性范围为95-80%进行了化合物的选择。
3. 使用拓扑场和生物同位素基团替代搜索了最有效的微管蛋白抑制剂的类似物。

应用于库的过滤器：

1. 应用了内部开发的MedChem过滤器，用于对Enamine库存化合物集进行预选；
2. 包括PAINS、Eli Lilly、REOS和普通功能团过滤器；
3. 完全符合五项规则。