经典组蛋白去乙酰化酶（HDAC）的I类、II类和IV类是一类有前景的新型表观遗传抗癌药物靶点。抑制组蛋白去乙酰化酶导致组蛋白的高乙酰化，通过创建开放的染色质状态调控基因表达，使先前被沉默的基因得以表达。尽管作用机制尚未完全理解，但抑制HDAC已被观察到能引起癌细胞的细胞周期停滞和凋亡。首个HDAC抑制剂已经在临床试验中进行评估，并对多种癌症表现出活性。临床试验中和试验外的大多数HDAC抑制剂无特异性地抑制所有HDAC亚型（即所谓的全谱抑制剂）。近年来，针对性HDAC抑制剂的研究得到了增加的关注，已经开发出几种类别选择性和一些亚型选择性的抑制剂。通过检查HDAC活性位点的关键结构决定因子（包括与Zn2+的必要相互作用）来实现选择性靶向，通过对大约1,000个已知HDAC抑制剂（IC50至少为1.1 uM）进行的分子对接验证，并从最终化合物集合中排除预测的交叉结合剂。库中的每个化合物都包含一个金属结合基团，与HDAC活性位点中的催化金属原子（Zn2+）配位。