与选择性雌激素受体调节剂（SERMs）相关的活性数据库是从公共领域（ChEMBL和Reaxys）收集并按活性范围进行分析的。总共发现了约15,000个活性数据，经过分析后按化学类型进行了分类。从药物化学前景来看，最有趣的骨架被用于子结构搜索，而最活跃的分子则被组装成一个用于计算机模型验证的集合——包括3D药效团和对接模型。 此外，所有在PDB中可用的雌激素受体（ER）结构都被整合并进行了分析。从ER-α共结晶结构中提取了超过200个配体，并进行了叠加，以识别最重要的相互作用点和共同的结构基序。 ER-α共结晶配体的叠加，来源：www.rcsb.org： • 所有配体都具有相似的结合模式，与雌二醇的结合方式一致。 • 两个羟基来自结合口袋的不同/相对部分。 • 一个羟基（氢键供体）在所有提取的配体中高度保守。 • 与OH基团的保守氢键相互作用对活性至关重要，而另一个可以被不同的生物电子等排体和氢键供体所替代。

通过为计算机模型选择的四种常见的相互作用图，鉴定了大约 15 种不同的药效团：

基于 PDB ID 的雌激素受体 α 7 簇：1sj0、2iog、2qxm、3os8、5aau、5dwi、5krj。 基于 PDB ID 的雌激素受体 beta 5 簇：1nde、1qkm、2fsz、2giu2yly。

构建了三个具有排除体积的 3D 药效团模型，对其进行了验证，然后用于寻找潜在的新 ER 配体。结果，超过 10k 种化合物被鉴定为 ER-α 的潜在命中化合物，而 7k+ 种潜在活性化合物被鉴定为 ER-beta。潜在雌激素受体调节剂的最终库通过了对预测结合姿势的人工审查，并使用扩展的 MedChem 过滤器进行过滤。