1.2019-nCoV主要蛋白酶靶向库 2020 年，在当前冠状病毒肺炎（COVID-19） 爆发后不久，2019-nCoV 的主要蛋白酶与抑制剂 N3 复合物存放在蛋白质数据库中，Life Chemicals 已使用该蛋白酶来设计针对这种关键病毒酶的重点化合物库。基于对接的虚拟筛选方案（Glide by Schrödinger，SP 模式）已被用于在 Life Chemicals HTS 化合物中搜索潜在的 2019-nCoV 蛋白酶活性位点结合剂。没有使用对接约束来允许对接算法探索尽可能多的配体的位置和方向。 2019-nCoV文库中含有2300多种由毒载团/反应性组筛选和过滤产生的类药物筛选化合物。该文库尚未符合 Ro5 标准，因为它会过滤掉许多模拟肽的化合物。 2.eEF1A 目标库 根据最近与 COVID-19 潜在治疗相关的新闻，有人提出human elongation factor 1-alpha （eEF1A） 可能是一种很有前途的抗冠状病毒药物靶点。事实上，许多出版物都强调了eEF1A在病毒复制中的重要作用。没有可用的 eEF1A 的 X 射线数据。但是，使用之前获得的高质量结构模型，Life Chemicals 设计了具有基于对接的虚拟筛选的 eEF1A 靶向库。eEF1A表面的两个不同的结合位点已被用于对接：GTP结合位点和eEF1B⍺结合位点。由于绑定的详细机制尚不清楚，因此没有使用对接约束。两个独立的虚拟筛选结果使我们能够选择近 3,000 个对 eEF1A 具有高预测亲和力的有前途的配体。这些配体符合 Ro5 标准，不包含PAINS、毒性或反应性基团。在该靶向库中，每个结合位点都有单独的化合物亚群，并标明了对接分数。 3.2019-nCoV木瓜样蛋白酶靶向库 最近从 SARS CoV-2 中分离的另一种 X 射线蛋白结构是木瓜蛋白酶样蛋白酶 （PLpro）。PLpro是冠状病毒（以及一般的RNA病毒）生命周期中的关键酶。它是一种具有多种功能的半胱氨酸蛋白酶，可处理病毒多蛋白和宿主细胞蛋白，并通过水解病毒和细胞底物中的肽键来促进病毒复制。PLpro被用作不同冠状病毒的药物靶点，包括SARS、MERS和HCV。 Life Chemicals设计的2019-nCoV木瓜蛋白酶样蛋白酶靶向库包括1,700种筛选化合物，通过基于对接的虚拟筛选选择。分子对接是基于 SARS CoV-2 木瓜蛋白酶样蛋白酶与肽抑制剂 VIR250 （PDB ID： 6WUU） 复合物中的晶体结构进行的。Life Chemicals HTS 化合物系列中的所有化合物均已对接到 PLpro 催化位点，并设置了 6 个分子间氢键约束（其中 3 个是必需的）。必要时，允许在活动站点中轮换组。最终的库是根据对接分数值和对形成的分子间接触的检查来选择的。使用专有的 MedChem 过滤器从库中去除 PAINS 化合物以及具有毒性和反应性基团的化合物。 4.SARS冠状病毒重点库 使用2D指纹相似性搜索方法，应用75%的Tanimoto相似性临界值来筛选已知对SARS冠状病毒具有活性的参考化合物集（数据来自ChEMBL数据库）。目标活动包括： SARS冠状病毒 SARS冠状病毒3C样蛋白酶 复制酶多蛋白 1ab 参考组中的所有化合物均根据公认的最大活性值（IC50、 KI50< 1000 nM，抑制率>25%）。总共将近 300 种独特的化合物被纳入参考集，用于随后的相似性搜索。 结果，在Life Chemicals HTS化合物集合中鉴定出437种小分子类似物，并包含在库中。