蛋白相互作用等复杂靶点，其结合口袋较为平坦，化合物难以结合，HTS在这一领域几乎失效，FBDD则可先识别具有弱结合作用的小片段，进一步优化结构，获得潜在成药化合物。
目前通过这种方式已发现多个小分子药物，其中有30多个进入临床阶段，以及两个上市药物：Vemurafenib和Venetoclax。
鉴于FBDD方法的成功运用，其在药物研发领域将会更受药物研发专家青睐。

一个好的片段库是FBDD方法成功的前提条件。对于片段库而言，一般需要考虑Ro3原则（mw<300，HBA<3，HBD<3，Rotable bond<3，cLogP<3）、3D结构多样性、溶解性等。此外，有些研究人员会对含特定基团的片段库感兴趣，比如含氟片段、含溴片段等。
结合实验特点，选择合适的片段库可以缩小筛选范围，更加合理的设计药物，为后续药物开发减小难度。药筛网收集了46万余种片段化合物数据，为研究人员提供更多的选择。